COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 3.384052 2.392556 2.576874
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.596932
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.600294
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.501041 2.603158
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.612596
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.602606
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.593983

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.953240 2.201835 2.082620
2020-09-20 17:00:00 NaN 0.000000 2.194452
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.186838
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.275810
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.269741
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.204801
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 2.162021

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.213904 0.640054
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 0.647478
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.660560
2020-09-18 17:00:00 0.000000 0.000000 0.671927
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.689452
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.772096
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.813504

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.727052 1.097320
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.087731
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.082914
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.073874
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 1.044059
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 1.040321
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 1.018182

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.146774
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.114382
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.033702
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 2.936785
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 2.888754
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 2.866395
2020-09-15 17:00:00 4.046415 2.487426 2.811127

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.850473 2.804812
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.831809
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.837896
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.861742
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.844058
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.811815
2020-09-15 17:00:00 3.639010 3.639010 2.784682

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 3.188149
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 3.263076
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 3.327633
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 3.331228
2020-09-17 17:00:00 4.659763 3.515215 3.391700
2020-09-16 17:00:00 2.061123 2.959184 3.448163
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.446508

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.179472
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.144918
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.111153
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.058661
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 2.027200
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.949433 2.004744
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.958013

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 9.275362 9.275362 5.429486
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.358860
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.433860
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.079498 5.410037
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.521120
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.487400
2020-09-15 17:00:00 10.078628 5.575411 5.462246

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 1.344287 1.344287 1.823063
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.878972
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.922799
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.952609
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 1.980658
2020-09-16 17:00:00 1.332998 1.332998 1.976861
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.229394 1.993719

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 4.047619 4.047619 3.411759
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.442917
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.430267
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.496441
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.563415
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.529464
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.483496

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.422764 1.080192
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.069839
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.080510
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.127820 1.080552
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.086007
2020-09-16 17:00:00 3.125000 1.562500 1.107688
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.135502

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.656290
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.793148
2020-09-19 17:00:00 1.995395 3.547067 2.826001
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.091633 2.918190
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.979810
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 3.006440
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 3.000328

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.898551 2.898551 4.478246
2020-09-20 17:00:00 7.692308 7.692308 4.317937
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 4.218563
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 4.206634
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 4.135943
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 4.034731
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.935698

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.459359
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.112463 3.435785
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.522892
2020-09-18 17:00:00 6.293360 3.666997 3.529807
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 3.558054
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.600410
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.542887

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 5.270007 5.270007 3.509716
2020-09-20 17:00:00 3.144654 3.144654 3.535343
2020-09-19 17:00:00 4.243615 4.243615 3.482903
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.430203
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.385851
2020-09-16 17:00:00 4.529464 4.529464 3.319201
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 3.247966

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 4.114925
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.999843
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.880456
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.771144
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.704930
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.664303
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.638979

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.458211
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.388439
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 3.265691
2020-09-18 17:00:00 4.349939 3.629032 3.254907
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 3.245668
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 3.183524
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 3.127112

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.115903
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.067360
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.076262
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 2.092003
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 2.068204
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 2.038528
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.847370 2.007271

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.261967 2.340503
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.550478 2.328628
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.360770
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.324942
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.310392
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.349861
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.285089

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 3.518800
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 3.399167
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.342281
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.449580
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.315789 3.292553
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 3.128342
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 3.202584

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-21 17:00:00 5.181087 5.181087 3.380005
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.350762
2020-09-19 17:00:00 3.213545 3.213545 3.281899
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.228377
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.191749
2020-09-16 17:00:00 2.669577 2.669577 3.111999
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 3.044048

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.953240 2.201835 2.082620
Basilicata 1.219512 0.213904 0.640054
Calabria 1.304348 0.727052 1.097320
Campania 4.636520 4.636520 3.146774
Emilia-Romagna 5.500237 2.850473 2.804812
Friuli Venezia Giulia 2.882483 2.882483 3.188149
Lazio 2.659146 2.659146 2.179472
Liguria 9.275362 9.275362 5.429486
Lombardia 1.344287 1.344287 1.823063
Marche 4.047619 4.047619 3.411759
Molise 12.601626 1.422764 1.080192
P.A. Bolzano 3.546099 3.546099 2.656290
P.A. Trento 2.898551 2.898551 4.478246
Piemonte 2.147702 2.147702 3.459359
Puglia 5.270007 5.270007 3.509716
Sardegna 7.720145 7.720145 4.114925
Sicilia 3.873967 3.873967 3.458211
Toscana 2.650678 2.650678 2.115903
Umbria 1.474926 2.261967 2.340503
Valle d'Aosta 2.857143 2.857143 3.518800
Veneto 5.181087 5.181087 3.380005
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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